La FESASS a pour but de développer et renforcer au niveau communautaire, la coopération entre ses membres afin de :
1) veiller à la défense et au renforcement de l’acquis et de la qualité sanitaire des cheptels et de leurs produits auprès des institutions communautaires et œuvrer à leur valorisation auprès des consommateurs et du marché mondial ;
2) faciliter et, si nécessaire, coordonner les efforts de ses membres en vue de la réalisation de leurs objectifs propres ;
3) être un lieu d’échange et de réflexion qui permette l’élaboration de propositions d’orientation générale en matière de politique, de technique, de sécurité sanitaire ;
4) harmoniser les points de vue techniques des organisations adhérentes afin d’élaborer des stratégies communes.
Pour ce faire la fédération entretient des liens étroits avec les Institutions communautaires, les autres Institutions internationales susceptibles d’intervenir dans ces domaines ainsi qu’avec les organisations représentant les autres parties prenantes de la chaîne alimentaire et plus particulièrement avec les organisations professionnelles agricoles européennes à vocation générale.